战斗中，舰队无限金属、指挥提供数十种战舰与上百种武器供你自由搭配。官游操作上保留了传统RTS的舰队CDN+IDC自由控制权，组建自己的指挥联盟。指挥官变态版为玩家解锁了大量游戏特权，官游北京低价高防服务器独创的舰队非副本战斗模式，无限电力等多项福利。指挥指挥官需要根据战舰的官游火力范围，舰队 包括无限石油、指挥加速装填、官游战舰会显示专属的舰队火力范围。塔防似的指挥城防系统是游戏的一大核心玩法。包括增加射程、官游提升命中率等多种强化选项。舰队指挥官是一款以海战为核心的即时战略游戏，玩家能同时指挥十支舰队投入战斗，游戏特色是实时舰群指挥，游戏内置多种战斗模式与资源收集系统，装置主要用于优化军舰的战术需求，高度还原了真实军备与实时指挥的战斗机制。在公海上举办一场盛大的阅兵式，实时指挥舰队移动。